精神科做为全市精神卫生中心，拥有全市最强的专家技术团队和最完备的治疗设备，运用药物、心理治疗、认知治疗、行为矫正治疗、生物反馈治疗、MECT、经颅磁刺激等治疗方法，可较好的治疗精神分裂症、抑郁症、躁狂症、双相障碍、强迫症、恐惧症、焦虑症、失眠症、神经衰弱、酒依赖、网络依赖、器质性精神障碍和青少年成长问题、婚姻问题等各种心理障碍。
骨外科开展了颈椎前后路手术、胸腰椎后路手术、脊柱及四肢骨关节骨折生物学固定、人工关节置换、膝关节置换及断指再植各种修复手术;神经外科开展了脑和脊髓肿瘤显微切除术、癫痫灶显微切除术、高血压脑出血血肿抽吸术、颅内动脉瘤显微治疗术、高流量动脉搭桥治疗脑动脉粥样硬化、颅底肿瘤切除术等高端显微技术、三叉神经痛、面肌痉挛的血管减压术;普外科对肝胆、胃肠、两腺、血管疾病等手术治疗有独到之处;疼痛科对各种顽固性疼痛的神经阻滞治疗，以及正骨科对关节粘连、增生性关节炎、关节强直等各类关节病变运用针刀治疗均取得了独特的疗效，在同专业中走在了全市前列。
成立于2007年4月的菏泽首家康复中心，如今已发展成拥有建筑面积1200平方米，环境优美，布局合理，康复设施齐全的现代化康复中心。中心现有康复技术人才21人，并与河北省人民医院康复中心建立了技术合作关系，能够熟练开展偏瘫肢体综合训练、肢体综合训练、肢体综合训练、认知知觉功能障碍训练、言语训练、吞咽功能障碍训练。可为脑血管病、脑外伤、脑瘫、脊髓损伤等所致的偏瘫、截瘫、失语、吞咽障碍及骨外伤所致的关节活动受限的患者，提供系统规范的康复治疗。
