上述介绍的各种肾结石治疗方法各有不同，但均存在无法避免肾结石复发的缺点。因上述方法均从碎石、排石着手，以碎石、排石为目标，没有以解决肾结石形成的病根为目标，因而治疗后患者身体机能没有得到改善，有的甚至因为术后副作用导致身体机能下降，这些因素导致肾结石周而复始地复发。
中医认为，肾结石形成的根源在于身体脏腑运作不顺，要真正治本，防止肾结石复发，必须改善患者的身体机能，协调脏腑。以中草药治疗肾结石的典型代表是一位名为朱董芳的中医生。朱董芳医生出身于中医世家，拥有多个家传秘方，其中就包括治疗肾结石的特效方法。肾结石患者通过饮用其汤剂，大约3天即可看到溶解后的结石碎粒或粉末随尿液排出，1cm的肾结石用10天左右治愈，2.5cm的肾结石用个月左右能治愈，不复发。此方法对肾结石、肾积水、输尿管结石均有疗效，而且无毒副作用，无痛楚，服用简单，身体机能也同时得以提升。
肾结石手术
经过多年发展，肾结石手术治疗手段日趋成熟，绝大多数复杂性肾结石手术，均能够通过广泛剥离肾窦切开取石，手术损伤小。纵使个别需要做肾切开取石，术时阻断肾蒂血管，采用静脉注射肌苷或低温，可保护肾功能。加上改良了的无萎缩性肾切开取石术式的开展，效果良好。当然，个别双侧复杂性肾石，全身情况差，估计术后难以改善肾功能和维持生命，便不能贸然施行手术。
