济宁医学院附属医院坚持科技兴医的发展战略，着力构建特色学科群体，以大学科为基础的学科发展方向基本形成。现有国家级临床重点专科1个，国家级中医药临床重点专科培育项目1个，省级重点学(专)科15个，省级重点实验室4个，市级重点学科(实验室)19个。医院在研国家级科研基金17项，其中国家自然科学基金9项，在研省自然科学基金70余项，市级课题近200项，年发表国家级论文300余篇，SCI论文30余篇。医院积极加强国际交流与学术合作，与世界近20个国家和地区的世界知学院校及医院建立了友好合作、学术交流、人才培养等往来关系。与中国科学院、北京协和医院、中国解放军总医院等建立了技术协作关系，大大提高了医院的学术水平和技术进步。我院是济宁医学院等13所高等医学院校的临床教学实习基地，全年在院的各专业实习学生1200余人，包括天津医科大学的国外留学生共37人。
济宁医学院附属医院坚持以病人为中心，以质量为核心，落实公立医院改革要求，紧紧围绕“质量、安全、服务、管理、绩效”的持续改进，不断强化内涵建设，全方位、创造性地推出了多项在全国拥有较大影响的管理改革。率先在全国实行单病种付费改革，在国内首次推出了临床路径管理的新模式(医师篇、护理篇、病友篇)，进行了226个病种的临床路径管理工作。临床路径的实施大大规范了医疗行为、保证了医疗质量安全、降低医疗费用、切实保障了广大患者的健康权益。2013年药占比为28%，连续十年药占比处于全国较优水平，全年接待来院参观学习临床路径管理的医院达300家2000多人次。
