一般情况下，天天服不凌驾3克的情况下，对大大都人(包罗孕妇和哺乳期妇女)来说都是安详的，不会呈现任何深海鱼油的副感化。服用深海鱼油剂量过高，会导致血液不易凝聚，增加出血的风险。可能会呈现的深海鱼油的副感化有：嗳气，口臭，胃灼热，恶心，稀便，皮疹和流鼻血。随餐服用深海鱼油增补剂，往往可以减少这些副感化的发生。某些鱼类，出格是鲨鱼、鲭鱼和养殖鲑鱼，可能会受到汞和其他化学品的污染。因此，选择鱼油类增补剂时，要选择纯度高，提取自深海无污染鱼类的鱼油产物。
专家以为，自然鱼油中含有DHA是神经系统细胞发展及维持的一种重要元素，鱼油中含有的EPA身分固然也具有调理血脂、软化血管的感化，但是该当了解的是，鱼类自己并不能合成DHA，而是由于吃了含有DHA的藻类在体内有所积存，因而纯度并不高。商家对鱼油的健脑、进步智力等功效多为夸大甚至虚假宣传。随着环境污染的日益加剧，鱼油内等闲残留汞等重金属污染，对人体形成危害。
而另有专家指出，由于某些鱼类含有汞，而汞污染物的大量存在，会损害新生儿以及儿童正在发育的神经系统，婴幼儿应慎吃鱼油。美国已有研究证实恒久足量地摄入DHA可将孩子的智商进步7%，视力进步0.2%。由于深海鱼油富含大量DHA，成了一些家长为孩子预备的“补品”。但婴幼儿缺乏相应的酶，对深海鱼油中的汞无法“解毒”，服用后效果可能适得其反。
