事实上，从2008年到2013年，历经5年后，三元所收购的三鹿工厂始终没有发挥应有的功效，三元发布的2013年第一季度业绩报告显示，三元第一季度亏损1254.16万元，而去年同期，公司盈利492万元。这意味着三元股份在经历了持续大幅亏损之后，目前仍没有扭转业绩亏损的局面，而对三鹿的整合成为拖累其业绩的主要原因之一。
2008年是三元股份最为风光的一年，当时爆发的“三聚氰胺”事件导致乳业企业几乎全面亏损，唯独三元独善其身，实现净利润4076万元。
在成功收购三鹿之后，三元股份总经理钮立平曾信心满满地表示：“收购三鹿是良好的契机，但更是严峻的挑战。三元在历史上错过了包括高端奶及早餐奶向全国市场渗透等几次可以改变命运的战略机遇，基于此，三鹿将近50亿元的产能归于三元旗下，如何进行新的布局和调整，将是对我们最大的考验。”
“实际上，当时三元刚接手时，大家干劲很足，都想打个翻身仗，三元接手了三鹿原有的7-8家核心工厂，这些都是三鹿的优质资产，加上三鹿现成的渠道，这些优势三元都占全了。但至今三元并未能实现之前的预期。三元收购三鹿后，一直到2年多后的2011年才进行了一次大的梳理，发布新的品牌LOGO、品牌主张与品牌理念等。整合进程太慢了，由于三元本身的国企体制，决策制定过程非常漫长，需要层层审批等，虽然有多个事业部，但决策权仍非常集中，事业部独立运作的空间并不大。这样每一个板块对经营规划的反应速度和能力相对较弱，很多事情还是要回到总部来探讨和决策。”原三鹿一名员工表示。
三元重组三鹿后，开始重点布局液态奶市场，不过在蒙牛、伊利的快速推进下，三元液态奶市场一直未有起色，目前三元收购的三鹿核心工厂产能恢复不足50%，主要是原三鹿三厂、六厂等工厂在生产，其他工厂都处于停工或半停工状态。上述原三鹿人士称。
