毒物的选择性毒害作用，不仅决定于机体不同组织生化过程的特性，而且也决定于毒物的化学结构。只有毒物具有相适应的结构特性，才能参与到组织的生化过程，引起机体一定的毒害作用。毒物的毒害作用与化学结构的关系，虽未系统阐明，但已总结出一些规律。
目前认为在作用相同的化合物中，无论其结构简单或复杂，都具有共同的结构因素，称为“有效基团”o例如：烷烃类均具有麻醉作用，当其中氢被羟基取代成为醇类，麻醉作用增强，并可损害肝脏；氢被卤素取代成为卤化烃，对肝脏的损害作用更大，而且卤原子越多，毒性越大；氢被羧基取代成为有机酸，就失去麻醉作用，但有强烈的刺激性。又如酚化合物对于机体具有高度毒性，因为酚易与酶蛋白的碱性基团作用，从而干扰代谢，产生毒害作用；酚的毒性较相应烃化合物更高，并且分子中羟墓愈多，毒性也愈高。又如胺化合物是碱性物质，易与核酸及蛋白质的酸性基团发生作用，因而剧烈地干扰生物代谢，表现为多种多样的毒害作用；一般伯胺的毒性最高，仲胺次之，叔胺较低。上述例子说明，毒物的化学结构对毒物的选择性毒害作用是起决定作用的。
赤手空拳把病消 两招
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